Jakobstads Hamn är en effektiv export- och importhamn. Det totala varuflödet per år är av storleksordningen 2 miljoner ton. Hamnens specialitet är hantering av varor och gods som är förknippade med träförädlingsindustrin och energiproduktion med biomassa. I Hamnen hanteras också kemikalier, cement och styckegods.
I augusti 2011 påbörjades ett muddringsprojekt för att fördjupa farleden och hamnbassängen. När projektet är slutfört år 2013 har Jakobstads Hamn ett seglingsdjup på 11 meter in till hamnens djupkaj den så kallade Laucko-kajen. Detta innebär att vi då kan betjäna ett betydligt större tonnage. I detta nu är seglingsdjupet 9 meter. Laucko-kajen har efter den senast förlängningen, som stod klar år 2009, en total längd av 503 meter.
I Jakobstads Hamn fungerar Oy Botnia Shipping Ab som hamnoperatör. I Botnia Shippings servicekoncept ingår såväl stuveriverksamhet och godshantering som lagerservice, spedition och skeppsklarering.